Wenn man mit Team Sonic, Team Dark, Team Rose und Team Chaotix den Story Modus schafft, muss man in den Bonus-Leveln die 7 Chaos Emerald sammeln. Im Herausforderungsmodus kann man nachschauen, in welchem Level der Emerald ist. Sobald alle 7 Emeralds gesammelt sind, geht man in den Story Modus und drückt nach rechts. Dann sieht man noch eine Story, wo ein schwarzes Bild ist. Eine Zwischensequenz wird gezeigt, wo sich Metal Sonic verwandelt.
Dann beginnt der Kampf. Zuerst erscheint Metal Madness der besiegt werden muss. Team Rose fängt an. Mit Amy und Cream müssen von Big gegen die Gelbe Kugel am Bein geschleudert werden, bis die Energie auf Null ist. Dann kommt Team Chaotix zum Einsatz. Wie bei Amy muss man wieder auf die gelbe Kugel schlagen, nur diesmal wechseln die Farben immer von Gelb auf Rot hin und her. Mit Vector muss man in die Kanone gehen und auf die Gelbe Kugel zielen, bis sie sich in Rot verfärbt.
Jetzt muss man sich mit Espio unsichtbar machen und auf die rote Kugel mit den Ninja Sternen schiessen. Den Vorgang wiederholt man, bis die Energie auf Null ist. Nun kommt Team Dark. Wenn die Kugel am Bauch rot oder gelb ist, schiesst man mit Rouge dagegen und wenn die Kugel blau ist, schiesst man mit Omega dagegen. Dies wiederholt man wieder bis die Energie auf Null ist. Dann kommt wieder eine Zwischensequenz, wo sich Metal Madness in Metal Overlord verwandelt.
Sonic verwandelt sich in Super Sonic und folgt Metal Overlord. Jetzt kämpft man mit Super Team Sonic. Metal Overlord kann aber nur mit den Team Blast zerstört werden, weil die normalen Attacken nichts anrichten können. Wenn der Team Blast viermal eingesetzt worden ist, ist Metal Overlord besiegt.
