Hinter eurem Flugzeug befindet sich der Weg, der euch zur Küste bringt. Folgt einfach dem Weg. Ihr werdet zu einem Tor kommen, wo ein Käfer 60 Peser Zoll verlangt. Überreicht ihm die Summe und durchquert das Labyrinth. Wenn ihr die Karte habt, könnt ihr sehen, wo ihr entlanglaufen müsst. Danach folgt ihr dem Weg, bis ihr die Küste erreicht.

Eine kurze Videosequenz zeigt Tricky, wie er auf eine Gefängniszelle am anderen Ufer schaut und ein wenig grinst. Was das zu bedeuten hat, werdet ihr noch erfahren. Schwimmt am besten an dieses Ufer. Zwischen den Gitterstäben seht ihr etwas, was eine Vogelschnauze sein könnte. Springt wieder ins Wasser und schwimmt zu dem großen Holzgerüst in der Mitte des Wassers. Um dieses zu betreten, verlangt ein Wächter 30 Peser . Schwimmt um das Gerüst herum, bis ihr eine Stelle findet, wo ihr den Lanzensprung ausüben könnt. Ihr fliegt auf das Gerüst und der Wächter wird nie wieder Geld verlangen, obwohl ihr ihm nichts gegeben habt. In der Mitte des Gerüstes ist ein großer Dinosaurier, der seine Goldbarren vermisst. Diese sind in der Höhle neben der Gefängniszelle, ein Abschnitt daneben, in der Nähe des Gerüsteingangs und etwas weiter in Richtung Ausgang auf dem Sand. Geht wieder zum Dinosaurier und er dankt euch, indem er eine Leiter neben dem Krazoa-Kopf durch einen Stampfer runterrutschen lässt. Ihr könnt über diese Leiter einen Schalthebel erreichen, der eine unscheinbare Höhle öffnet. Dort findet ihr einen Raum vor, in dem vier Steinblöcke sind. Schaut euch das alles genauer an. Wenn ihr wieder rausgehen wollt, schließt sich der Ausgang und die Steinblöcke verschieben sich und geben jeweils ein Loch zum Vorschein. Aus diesen Löchern steigt giftiges Gas auf. Beeilt euch, um die Blöcke richtig hinzuschieben, damit ihr nicht sterbt. Wenn ihr das geschafft habt, öffnet sich die mysteriöse Zelle. Geht ihr zu ihr, kommt eine Videosequenz. Die Cloudrunner-Königin geht aus der Zelle heraus und bedankt sich. Sie erzählt, dass General Scales sie einsperren ließ. Außerdem berichtet sie, dass ihr Volk in Gefangenschaft in der eigenen Festung lebt. Fox ist bereit, ihr zu helfen und fragt Tricky, was er davon hält. Es kommt heraus, dass Earthwalker und Cloudrunner zerstrittene Völker sind. Da in der Cloudrunner-Festung von zwei Parteien gekämpft wird, die Tricky nicht aufnehmen würden, darf sich dieser ausruhen, während Fox das Volk rettet und nach dem zweiten Ahnenstein Ausschau hält. Nach dem Video, eilt zum ThornTail Tal, sammelt Energiezellen für den Abflug und hebt mit dem Flugzeug ab. Auf dem Weg zur Festung müsst ihr 5 Goldringe durchfliegen. Habt ihr dies geschafft, landet ihr auf einer Brücke, die zum Eingang der Festung führt.

Ihr werdet dort von der Königin empfangen. Sie entscheidet sich dafür, sich mit euch oben heimlich zu treffen und fliegt voraus. Ihr braucht etwas länger als sie, um hochzukommen. Es fängt damit an, dass am Ende eurer Brücke ein verschlossenes Tor ist und Sharp-Claws aufpassen. Habt ihr diese erledigt, springt von der Brücke ins Wasser. Ihr seht, dass dort Kisten schwimmen, die einen Weg unter Steinbögen bilden. Schwimmt bis zum Anfang des Weges und ihr seht einen Schalter. Wenn ihr diesen aktiviert, bilden sich Magiekreise unter den Bögen. Benutzt die Kisten, um unter die Bögen zu kommen und durch die Kreise springen zu können. Beeilt euch dabei, denn ihr habt nur begrenzte Zeit. Nehmt immer nur die Kisten. Es gibt auch Steinfelder, die allerdings nicht erreichbar sind und nur zur Ablenkung dienen. Habt ihr dies geschafft, bildet sich eine rote Sonne über dem verschlossenen Tor. Ihr kommt in eine Zylinderförmige Halle, an dessen Wand ein Weg spiralförmig nach oben führt. Dort sind Flugroboter, die mit einem Scheinwerfer nach Eindringlingen suchen, die hochgehen wollen. Sie schlagen allerdings nicht Alarm, sondern verpassen euch nur einen Stromschlag, der euch ein Achtel Leben abzieht. Seid ihr oben angekommen, seht ihr wieder ein verschlossenes Tor. Daneben eine Leiter. Nehmt ihr die Leiter nach unten, kommt ihr zu einem Schalthebel, mit dem ihr das Tor öffnet. Geht ihr durch das Tor und nach rechts, folgt eine Videosequenz, in der Fox sich in einen quadratischen Garten schleicht, in dessen Mitte eine Plattform ist. Dort beobachtet Fox, wie General Scales und seine Handlanger die Königin darüber ausquetschen, wo sich Fox befindet. Auch wenn die Sharp-Claws sie immer wieder schlagen, verrät sie nichts, bis Fox sich zu erkennen gibt. Zuerst droht er dem General, doch dieser schickt vier Flugroboter, ihn mit Blitzen bewusstlos zu machen. Einige Zeit später wacht er ohne seinen Stab in einer engen Zelle auf.

Ihr müsst neben euch gleich gegen die Wand laufen und "A" drücken, denn dort ist ein Steinblock, den ihr wegschieben könnt, um in die Nachbarzelle zu kommen. Von dort könnt ihr dann in einen Gang gehen. An allen Zellen geht es vorbei zu einem Raum, in dem ein Sharp-Claw, der Gefängniswärter, schläft. Auf seinem Tisch liegt euer Stab. Die meisten scheitern an dieser Stelle, weil sie den Wärter aufwecken und nicht wissen, warum er aufwacht. Die Lösung ist, dass viele Pfützen auf dem Boden sind. Ihr müsst darauf aufpassen, in keine zu treten. So könnt ihr an ihm vorbeikommen. In dem nächsten kurzen Gang, kommt ihr in einen großen Raum, in dessen Mitte ein Propeller, ein Schalter und ein Benzinfass mit Zeitzünder sind. Nur wenn ihr auf dem Schalter steht, funktioniert, der Luftzug. Und an der Decke ist eine rissige Stelle. Nehmt das Fass, stellt es auf den Propeller und aktiviert diesen. Das Fass schwebt bis zur Decke und explodiert kurz danach. Endlich habt ihr eine freie Stelle, um mit dem Starfox-Team zu kommunizieren. Slippy sendet euch eine Sharp-Claw-Tarnung. Damit verwandelt ihr euch in einen Sharp-Claw und könnt unbemerkt bei jedem Gegner vorbeigehen, ohne einen Kampf beginnen zu müssen. Tarnt euch damit und weckt den Wärter auf. Er befiehlt euch, seine Spätschicht zu übernehmen. Das kommt euch natürlich ganz günstig. Nehmt als erstes euren Stab und befreit alle Gefangenen. Einer von ihnen ist ein älterer Cloudrunner, der keine Flügel mehr hat. Er verrät euch, dass ihr in der Festung nur was erreicht, wenn ihr die Propeller, zum fliegen benutzt. Das geht nur, wenn die Festung mit Strom versorgt wird. Er schenkt euch den Schlüssel zum Zimmer, in dem der Strom entsteht. Es fehlen allerdings die Kristalle, die dafür nötig wären. Mit dem Stab, könnt ihr den Ausgang öffnen und zum Garten von vorher zurückkehren. Allerdings diesmal getarnt. Nicht mal die Flugroboter werden euch einen Stromschlag verpassen. Außer ihr lasst euch ohne Tarnung blicken. Im Garten müsst ihr als erstes vorsorgen. Ihr geht zu einer Leiter, die allerdings nicht ganz bis zum Boden reicht. Daneben zerschlagt ihr die Kiste und aktiviert den Schalthebel, um die Treppe hochklettern zu können. Im folgenden Gang, findet ihr eine große Flamme, die den Durchgang versperrt. Löscht diese und ihr findet ein Gitter. Jetzt geht ihr zur Plattform, wo vorher der General war und aktiviert den ersten Schalter an der Fackel. Es öffnet sich das Gitter im Gang. Lauft schnell dorthin und betretet den abgesperrten Raum. Dort findet ihr einen Behälter. Öffnet diesen und ihr erhaltet einen Edelstein. Dieser ist zur Stromerzeugung nötig. Ihr braucht aber noch zwei andere. Aktiviert auf der Plattform den zweiten und den dritten. Holt euch dann die anderen und sucht danach die Stromkammer. Dort setzt ihr alle drei ein und ihr seht, wie die Luftzüge endlich funktionieren. Mit einem von ihnen, fliegt ihr hoch und ihr seht, dass ihr auf einmal in einem ganz anderem Abteil seid. Es ist ein riesiger Platz, der voller aufgestapelter Kisten ist. Außerdem gibt es einige Türen an der Wand, die verschlossen sind. Ihr müsst nun alles Gegner dort erledigen, damit sich eine dieser Türen öffnet. Darin steht ein Benzinfass, dessen Hülle aus glänzendem Holz ist. Nehmt dieses Fass und legt es in einem anderen Raum auf das Bild eines Fasses. Steigt die Leiter daneben hoch und aktiviert den Aufzug, indem ihr als Sharp-Claw auf den Schalter steigt. Ist das Fass oben, nehmt es und schmeißt es auf die Holzbretter, die einen Eingang versperren. Sind diese weg, seht ihr, dass auf der anderen Seite des Ganges ein Garten ist. Der Boden unter euch zerbricht jedoch und ihr befindet euch eine Etage weiter unten in einem Luftzug. Der Eingang dazu ist aber versperrt gewesen. Betretet den Garten und ihr merkt, dass dort ein Käfig ist und die Königin dort gefangen ist. Sucht zwei Schalthebel in diesem Garten und aktiviert diese, damit ihr später über den Luftzug reinkommt. Holt wieder ein Benzinfass von der gleichen Stelle und werft es auf die Säule unter dem Käfig. Diese lässt sich dadurch nämlich zerstören. Die Königin ist euch dafür dankbar. Allerdings fehlen ihre Kinder. Ihr sollt diese retten und mit einer Molluska ihnen signalisieren, dass ihre Mutter wartet. Verlasst ihr den Garten, seht ihr, wo das erste Kind ist. Es wird von einem Gegner bedroht. Geht dorthin und erledigt diesen. Sobald sich das Kind setzt, geht in die richtige Nähe und benutzt das Instrument, um den kleinen zu seiner Mutter zu führen. Wo der zweite Sprössling bedroht wird, solltet ihr erkennen. Nachdem ihr diesen gerettet habt, wird es schwieriger, weil der dritte an einem nicht sehr berühmten Ort ist. Dazu geht ihr durch den quadratischen Garten zur Zylinder-Halle. Steigt die Leiter runter und zerstört dort die Vase. Darunter ist eine Stelle, die euch den Lanzensprung ermöglicht. Oben seht ihr dann das Kind. Der letzte ist in dem großen Kisten-Feld. Habt ihr alle gerettet, geht zur Königin. Diese aktiviert mithilfe ihrer Kinder fünf Schalter auf einmal, um eine goldene Tür ist. Diese führt zur geheimen Schatzkammer der Cloudrunner, die General Scales leeren will. Betretet ihr diese, kommen euch sofort Sharp-Claws entgegen. Außerdem ist dort der Zimmer mit feinem Goldstaub bedeckt. Ihr kommt zu einem Luftzug, den ihr nicht betretet, da ihr sonst hoch zum Garten der Königin kommt. Mit dem Schalter, kehrt ihr die Richtung des Windes um und ihr fliegt nicht hoch. Danach folgt ein dunkles Zimmer, an dessen Ende ein Riss in der Wand ist. Nehmt ein Benzinfass von oben und schmeißt es den Luftzug runter. Springt hinterher und ihr steht wieder dort. Diesmal habt ihr ein Fass. Sprengt den Riss und ihr kommt in einen Raum, in dessen Mitte ein Loch ist. Eine Leiter führt hinunter. Seid ihr unten, betretet ihr eine große Halle, in der drei Sharp-Claws und ihr anführender General. Kommt ihr hinzu seht ihr in einer Videosequenz, wie General Scales verschwindet und die Sharp-Claws mit Schlitten losfahren. Einer der Gegner hat den Ahnenstein. Ihr müsst im folgenden rennen durch rammen alle Gegner ausschalten. Vergesst nicht auf den Plattformen mit dem Pfeil aufzutanken. Habt ihr dies erledigt gehört der Ahnenstein euch. Eine Sequenz zeigt, wie eure Lebensleiste abermals verlängert wird und wie ihr zurück zum ThornTail Tal fliegt.

Angekommen, müsst ihr unverzüglich den Ahnenstein im Aquaquell-Tempel abgeben. Diesen findet ihr an der Küste. Also sucht diese auf. Dort geht gleich nach rechts auf den Strand. Dort seht ihr einen kleinen Dinosaurier mit zwei Sharp-Claws kämpfen. Besiegt ihr diesem, erhaltet ihr zum Dank eine wertvoll aussehenden Kristall. Geht jetzt zum Krazoa-Kopf und steigt die Leiter hoch, an dessen Spitze ein Schalthebel ist. Springt ihr nach rechts, findet ihr einen Schalter, den ihr als Sharp-Claw benutzen könnt. Tretet ein und ihr kommt zu einem Raum, der mit Wasser ganz voll ist. Es ist dort nur ein unerreichbarer Schalthebel und ein roter Schalter. Gebt Tricky den Befehl "Sitz", damit er auf dem roten Schalter stehen bleibt. Eine Säule steigt auf, die als Stufe zum Hebel dient. Wenn ihr den Hebel aktiviert, wird die Strömung, die bisher weg von einer Höhle geführt hat, umgedreht. Schwimmt durch die Höhle und ihr kommt zu einem Raum, in dem nur eine Krazoa-Figur ist, die ein Kugel im Mund hat, wie ihr eine habt. Mit "A" nehmt ihr sie heraus. Das Wasser im anderen Zimmer fließt ab und in dem jetzigen Zimmer steigt es an. Ihr könnt nun den Raum verlassen und den anderen betreten. Dieser hat zwei Krazoa-Figuren. Setzt die Kugeln ein. Eine von ihnen leuchtet. Dass die andere dunkel bleibt, liegt daran, dass das Licht nicht darauf fällt. Stellt Tricky auf die Säule neben den Eingang, indem ihr den Befehl "Sitz" gebt. Aktiviert ihr den dazu passenden Schalter, wird Tricky nach oben gebracht. Dort ist eine Lücke in der Wand, die mit Reisig verstopft ist. Mit dem Feuerkommando öffnet ihr die Luke und das Licht fällt auf den zweiten Stein. Eine große Tür zu einem Gang öffnet sich und ihr könnt durch. Die folgende Halle wird euch etwas beschäftigen. Schaut im ganzen Raum nach oben. Ihr solltet eine rote Sonne sehen. Ist diese grün, steigt das Wasser bis ganz nach oben. Betretet den Gang neben der sonne. Dort ist wieder etwas Reisig. Verbrennt es und ihr seht einen Steinblock. Werft ihn ins Wasser und färbt die sonne wieder rot. Unten schiebt den Block auf den Schalter. Darauf öffnet sich das Gitter, das ihr zum weiterkommen braucht. Der nächste Gag führt euch zum Eingang des Tempels. Steigt das Holzgerüst hoch und setzt euren Ahnenstein dazu ein, um ein Tor zu öffnen. Ihr betretet nun den Tempel.

Ihr steht am Anfang vor einem elektrischen Feld. Ihr könnt nur durch, wenn manche Teile deaktiviert sind. Dies macht ihr, indem ihr Tricky den Befehl "Sitz" gebt. Ihr seht auf der Tafel, welche Felder ausgeschaltet sind. Nur auf diesen könnt ihr gehen. Habt ihr eins betreten, wird die ganze Reihe deaktiviert. So kommt ihr auf die andere Seite. Dort sind dann zwei ziemlich starke Sharp-Claws. Nachdem ihr sie erledigt habt, springt links ins Wasser und schwimmt der Strömung nach in den großen Raum. Schwimmt bis ganz an das Ende, wo ihr auf die mittlere Plattform gehen könnt. Von dort führen drei Wege weg. An jedem Ende ist ein Schalthebel. Lauft also alle Wege entlang, um jeweils den Hebel aktivieren zu können. Passt aber darauf auf, dass ihr nicht runterfallt. Die Wege sind kurvig, dünn und sehr rutschig. Geht also vorsichtig. Habt ihr dies gemacht, schwimmt aus dem Raum heraus zu dem Abteil daneben. Steigt auf das Feld drauf und ihr seht ein Warpfeld, das nicht aktiviert ist. Schießt durch die bunte Fackel im richtigen Moment auf die Kugel und ihr könnt euch warpen.

Seid ihr angekommen, müsst ihr gleich durch die Tür vor euch gehen. Im folgenden Raum, nach rechts gehen und durch den runden Gang in den anderen Raum. Dort kommt ihr ohne Probleme an einen Schalter. Habt ihr ihn aktiviert, wird das Wasser hier abgelassen. Als Sharp-Claw stellt ihr euch auf den passenden Schalter, um die Tür im nächsten Raum zu öffnen. Um durchkommen zu können, müsst ihr den Wasserpegel wieder heben. Holt den Eisblock aus einer Luke raus und setzt ihn so hin, dass ihr wieder zum Hebel kommt. Seid ihr durch den runden Gang zum nächsten Raum gegangen, erwartet euch ein Karussell. An der Decke sind Krazoa-Statuen mit jeweils einer roten Sonne unter dem Podest. Ihr müsst rechts mit Trickies Feuerkommando das Karussell aktivieren, damit das Spiel losgeht. Auf dem Rad sind vier Fackeln. Wenn ihr eine der vier roten Sonnen grün färbt, beugt sich die jeweilige Statue nach unten und Pustet einen weißen Nebel. Habt ihr die sonne früh genug gefärbt, sollte der Nebel eine Flamme treffen. Diese erlischt darauf. Habt ihr alle vier gelöscht, könnt ihr in den nächsten Raum. Dort müsst ihr wieder ein Minispiel gewinnen, um weiterzukommen. Diesmal ist es ein kleines Labyrinth, an dessen Anfang ein Steinblock ist, den ihr mit eurem Schuss bewegen könnt. Das Rätsel ist nicht so schwer. Ihr müsst als erstes nach vorne schießen, dann zur Seite, wieder nach hinten und dann seht ihr eindeutig, wie ihr ins Ziel kommt. Nach dieser Aufgabe wird in dem ersten Raum mit dem Warpfeld ein Lanzensprung aktiviert. Fliegt ihr hoch, so befindet ihr euch auf der gleichen Höhe, wie die Krazoa-Statuen vorher. Ihr könnt von Raum zu Raum gehen und alles von oben betrachten. Ihr kommt bald zu einer großen Kugel und einer Fackel davor. Schießt durch die Fackel auf die Kugel, wenn beide die gleiche Farbe haben. Eine Brücke erscheint dann, um auf die andere Seite zu gehen. Dort ist ein Warpfeld. Dieses führt euch zu einem Raum, den ihr schon kennt. Dort habt ihr den ersten Ahnenstein abgegeben. Sucht das Loch für den zweiten und legt diesen auch dazu. Danach verlasst den Tempel und die Küste. Kehrt wieder zum ThornTail Tal zurück.

Wenn ihr zum Wegabschnitt kommt, in dem es herbstlich aussieht, steht auf dem Weg ein Baby vom Stamm der Lightfoots. Der Dinosaurier, den ihr vorher m Strand gerettet habt, ist auch von diesem Stamm. Fox bemitleidet das scheinbar vermisste Kind, als von den Baumkronen einige LightFoots runterspringen und ihn bewusstlos schlagen. Ihr wacht an einer Holzsäule gefesselt wieder auf.