Auch in diesem Bosskampf kommt es nicht zu einer direkten eins-gegen-eins-Konfrontation. Euer Ziel ist es, fünf Proben des Gegengifts zu sammeln, was euch mithilfe des Scanners nicht allzu schwer fallen sollte. Geht rechts den Steg entlang und zieht euch mit dem Line Launcher hinüber. Wiederholt dies auf der anderen Seite, um zu einem offenen Tor zu kommen.

Batman redet mit Oracle, stellt seinen Scanner auf die Pflanzen ein und baut dann noch mit Explosivgel eine Falle. Geht dann weiter geradeaus über die Holzplatten. Tut dies gehockt und so langsam wie möglich, damit Croc nicht weiß, wo ihr gerade seid. Folgt immer dem Weg und irgendwann wird Croc aus dem Wasser auftauchen. Werft dann den Batarang, denn dieser trifft ihn an seinem Halsband und er fällt zurück ins Wasser.

An der ersten Kreuzung müsst ihr weiter gerade aus und über den Zaun. Geht dann nach rechts, werft den Batarang auf die Spore und sammelt dann das Venom ein. Geht dann zurück zur Kreuzung und setzt den Weg geradeaus fort. Geht bis zum Ende des Ganges geradeaus, wobei Croc erneut auftaucht. Werft den Batarang. Dann geht nach links und sammelt erneut Venom, doch Achtung, bei der Spore angekommen, kommt Croc von hinten auf euch zugerannt.

Sobald ihr das Venom habt, geht zurück zur Kreuzung und folgt dem linken Weg. Geht an der nächsten Kreuzung nach links und wehrt immer die Angriffe von Croc ab. Bei der nächsten Verzweigung geht's nach rechts, geradeaus und dann nach rechts zur nächsten Spore. Achtet auch hier auf Croc. Nachdem ihr das Venom genommen habt, geht nach rechts, der Weg wird dank Killer Croc "geöffnet".

Geht an der nächsten Kreuzung geradeaus und dann nach links, wo ihr bei der 4.Spore seid und ihr plötzlich von Croc überrascht werdet, der euch von den anderen Platten abschneidet. Sammelt das Venom und zieht euch dann mit dem Line Launcher zu dem horizontalen Rohr hinüber. Es folgt ein Angriff von Croc, dem ihr entkommen müsst, indem ihr lauft. Nach rechts, dann nach links und ihr könnt wieder normal gehen.

An der Kreuzung geht's erneut nach links, an der nächsten dann nach rechts über den Zaun. Wenn das Brett, auf dem ihr steht, anfängt zu wackeln, müsst ihr loslaufen. Begebt euch nach rechts, gefolgt von einer Linkskurve. Lauft weiter nach rechts und ihr seid an der letzten Spore angelangt. Sammelt das Venom und dann müsst ihr fliehen. Nun ist es das gleiche Spiel wie eben, nur umgekehrt. Folgt dem Radarsignal zurück.

Doch seid immer auf der Hut, denn ihr müsst jetzt oft laufen, Crocs Angriffe abwehren usw. Ab ca. 150 Metern vor dem "Ziel" müsst ihr ohne Pause laufen. Wieder auf festem Boden lauft ihr bis zum Gitter, welches verschlossen wird. Wählt das Explosivgel und wartet, bis Killer Croc über Batmans Falle ist, dann zündet ihr und der Bosskampf ist erfolgreich abgeschlossen.

Eigentlich ist ja Harley der Bossgegner, aber ihr müsst nur gegen Häftlinge kämpfen. Harley schickt nun viele also Häftlinge, die euch im Nahkampf den Gar aus machen sollen. Achtet auf die Geräuschkulisse und begebt euch, sobald ihr Stromgeräusche hört und auf der großen Platte einige Blitze seht, zu einer der anderen beiden Platten, wo ihr hochklettern könnt. Kämpft dort gegen die Gegner, bis auch dort Stromgeräusche erklingen und geht dann wieder zur Hauptplatte.

Das ist eigentlich schon die größte Schwierigkeit, abgesehen von den Gegnern mit den Elektrostäben. Wenn diese kommen, lasst zunächst die anderen Gegner außer Acht und schaltet sie zuerst aus, um nicht so viel Schaden davonzutragen. Nachdem ihr alle Gegner besiegt habt, folgt eine Sequenz , in der Batman Harley Quinn festnimmt. Der Bosskampf ist erfolgreich beendet.

Nach der Introsequenz müsst ihr Ivy in Form einer riesigen Pflanze bekämpfen. Ivy stellt den Kern dar, der von einem Gitter geschützt ist. Ihre Attacken lassen sich in zwei Gruppen gliedern, die sich im Kampf selbst immer abwechseln. Zum einen sind das ihre Ranken. Damit sticht sie in den Boden und ihr müsst den entstehenden Dornen ausweichen, da diese euch viel Schaden zufügen.

Zum Anderen feuert sie ihre Giftkugeln auf euch ab, wobei sie abwechselnd links und rechts einzeln und dann viele hintereinander abschießt. Wenn sie die erste der einzelnen abgefeuert hat, müsst ihr immer den schnellen Batarang benutzen, denn dann öffnet sie ihre Schutzhüle und ihr könnt sie verwunden. Nachdem ihr sie also einige Male mit dem Batarang getroffen habt, bricht Ivy zusammen und der Pflanzenkern liegt direkt vor euch.

Geht hin und sprüht Explosivgel, um die Schutzhülle zu zerstören. Die Pflanze richtet sich wieder auf und nun müsst ihr einige benebelte Wachmänner besiegen, doch vergesst dabei nicht, den Ranken auszuweichen. Nun wird es eine Stufe schwerer, denn Poison Ivys Lebensleiste hat sich wieder gefüllt. Nachdem ihr die Wachmänner besiegt habt, feuert sie wieder ihre Kugeln auf euch ab und ihr müsst sie wie im ersten Teil des Kampfes mit dem Batarang treffen.

Bei ihren Rankenangriffen müsst ihr euch nun gleichzeitig gegen eine Vielzahl von Wachmännern durchsetzen, was ihr aber vereinfachen könnt, indem ihr die Wachmänner in ihre Ranken laufen lasst oder sie mit Tritten gezielt von der Plattform kickt. Wiederholt eure Batarang-Angriffe solange, bis Ivys Lebensleiste wieder leer ist und sie zusammenbricht. Lauft erneut hin und Batman gibt ihr in einer Sequenz den Rest. Der Bosskampf ist beendet.

In einer spektakulären Sequenz verwandelt der Joker sich selbst in einen Titan und ihr müsst auf dem Dach der Anstalt gegen ihn antreten. Nach ein paar Schlägen schickt er erstmal ein paar Handlanger. Fertigt diese im Nahkampf ab, doch achtet auf die Minibomben des Jokers. Weicht ihnen geschickt aus, sodass sie nur die Handlanger treffen. Nach der ersten Welle macht der Joker ein bisschen Show für die Helikopter und dann kommt die nächste Gegnerwelle.

Nachdem ihr diese besiegt habt, dreht er euch erneut den Rücken zu. Nutzt den Ultra-Batclaw, um ihn hinunterzuziehen. Er fällt und steckt mit den Krallen im Boden fest. Lauft hin und schlagt auf ihn ein, was ihm ein Drittel seines Lebens abzieht. Dann reißt er die Krallen aus dem Boden und nach ein paar Versuchen, euch zu schlagen, geht er wieder hoch und schickt seine Handlanger, bei denen diesmal auch ein paar mit Messer dabei sind.

Nachdem ihr die Handlanger besiegt habt, zieht den Joker wieder runter und ihr könnt erneut ein Drittel seiner Lebensenergie abziehen. Weicht wieder seinen Schlägen aus und er geht erneut nach oben. Die letzte Gegnerwelle folgt, doch bei dieser müsst ihr wirklich flink sein, da einige der Handlanger mit Elektrostäben bewaffnet sind. Haltet sie außerdem von dem Waffenkasten unter der Empore, auf der der Joker steht, fern.

Zieht noch einmal den Joker hinunter. In einer Sequenz fällt er durch den Boden auf die Elektrogitter und Batman gibt ihm den Rest. Ihr habt Batman: Arkham Asylum erfolgreich beendet.