Die wohl wichtigste Position des Spiels bleibt auf öffentlichen Servern meist leer oder schlecht besetzt. Sobald ihr Commander seid, klickt hierfür neben der Waffenwahl auf den Tab „Squads“, dann auf Commander und danach auf übernehmen, liegt der Ausgang der Runde in eurer Hand.

In größeren Karten wie Sidi Power Plant solltet ihr euch im Titanen oder im Hintergrund aufhalten und von dort aus Befehle erteilen, da ein toter Commander niemandem außer dem Feind nutzt. In kleinen Gebieten, wie z.B. Fall of Berlin, ist es fast unumgänglich, dass ihr mitkämpft wie jeder gewöhnliche Soldat.

Ihr könnt zwischen verschiedenen Aktionen wählen, indem ihr die T-Taste gedrückt haltet. Die einfachere Variante besteht jedoch darin, die Entertaste zu drücken, den Reiter „Squads“ auszuwählen und mit der Karte zu Arbeiten. Anfragen von Squadleadern könnt ihr so einfach bearbeiten, auch das Bewegen eines Titanen könnt ihr hier bestimmen. Das EMP-Geschoss solltet ihr euch für feindliche Panzer sowie Mechs aufheben, die Artillerie hingegen eher auf Nachfrage von Squadleadern ausführen. Diese Anfragen seht ihr als Nachricht eingeblendet und daraufhin als Symbol in eurem HUD oder auf der Karte. Klickt ihr dieses Symbol per Rechtsklick, oder bei gedrückter T-Taste an, könnt ihr die geforderte Luftüberwachung oder Artillerie los senden. Auch Versorgungskisten kommen so an den richtigen Empfänger. Per B-Taste und Headset könnt ihr euch mit den Squadleadern unterhalten.

Der Commander ist mächtig und doch sehr einsam, weshalb er auch zusätzliche Punkte einstreicht. In dieser Position verwandelt sich das Spiel eher in ein Strategiespiel, weshalb man sich bewusst sein muss, dass es einfach weniger Action gibt.