Wenn ihr bestimmte Stellen im Spiel erreicht, dann werden verschiedene Geheimnisse freigeschaltet. Sobald ihr einen der geheimen Bereiche betretet, flimmert die Botschaft "SECRET ACTIVATED" auf dem Bildschirm. Nachdem ihr mindestens ein Geheimnis gefunden habt, könnt ihr es im "Secrets-Menü" ein- und ausschalten. Einige der Geheimnisse lassen sich nicht zusammen aktivieren. Das "Secrets-Menü" zeigt an, welche Kombinationen möglich sind.

Secret 1: Big Head Mode - Kathedrale des Schmerzes

Mit diesem Secret bekommt Shadow Man einen riesigen Kopf. Lasst euch im Kontrollraum jenseits der Marcher Gad-Lava in den großen Schacht mit den rotierenden Klingen fallen. Ihr findet es im Fallen.

Secret 2: Disco Mode - Gefängnis

Mike bekommt ein funky Disco-Outfit und sieht überall bunte Lichter. Außerdem hört ihr in diesem Modus immer die Marco Cruz-Musik. Dieses Secret könnt ihr in der mittleren Dusche finden.

Secret 3: Flame Mode - Erster Gad-Tempel

Dieses Secret erschafft einen Feuer-Effekt um Shadow Man. Geht ganz zum Ende des Flambeau-Labyrinths. Direkt bevor man zurück in die große Kammer mit dem Zikkurat-Schalter kommt, könnt ihr es finden.

Secret 4: Pea Soup Mode - Londoner Untergrund

Dieses Secret verringert stark die Sichtweite (Nebelmodus). Ihr könnt es in den Damentoiletten finden.

Secret 5: Clown Mode - Mietshaus

Mit diesem Secret bekommt Mike riesige Füße. Ihr findet es auf der anderen Seite des zwei Blocks breiten absackenden Bodens an der Ecke des Korridors.

Secret 6: Giant Stetson Mode - Unterstadt

Mit diesem Secret trägt Mike einen riesigen Hut. Ihr findet es auf dem gebogenen Rohr. Der Sprung dorthin ist etwas hakelig aber machbar.

Secret 7: Shotgun Head Mode - Gefängnis

Anstelle von abgefeuerten Shotgun-Patronen fliegen nun Köpfe durch die Gegend. Dieses Secret könnt ihr bei den Hochsicherheitszellen finden. Es ist die Zelle ganz hinten links unterhalb des Bodens. Dieses Secret hat in der deutschen Version des Spieles aufgrund der Zensur keinen Effekt.

Secret 8: Trippy Mode - Asyl-Tor

Das Bild und die Steuerung spielen mit diesem Secret verrückt. Ihr findet es auf dem letzten Dachbalken am Ende eines Zimmers.

Secret 9: Invisible Man Mode - Spielzimmer

Mit diesem Secret werdet ihr nahezu unsichtbar. Das bringt aber nicht wirklich viel, da die Gegner einen trotzdem bemerken.

Ihr könnt dieses Secret mitten im Raum von Dollar Bill finden. (Es ist das Zimmer mit den vielen Geldscheinen an der Wand). Dieser Raum ist durch eines der Abwasserrohre zu erreichen.

Secret 10: Area 51 Mode - Marktore im Reich der Toten

Dieses coole Secret verwandelt alle Duppies (die Bewohner) in Grey-Aliens und alle Deadwings in Ufos. Ihr findet es hinter dem Level 10-Sargtor.

Secret 11: Tranny Mode - Zweiter Gad-Tempel

Mit diesem Secret könnt ihr als Mikes "Freundin" Nettie spielen. Ihr findet es in dem dunklen Labyrinth mit den Flambeau-Türen. Es befindet sich ganau mitten im Labyrinth auf der unteren Ebene.

Secret 12: Duppie Mode - Wüstes Land

Mit diesem Secret könnt ihr als Duppie (Zombie) spielen. Ihr findet es auf dem vierten Lebensverlängerungs-Altar von links im Tempel des Lebens.

Secret 13: Deadwing Mode - Dritter Gad-Tempel

Mit diesem Secret könnt ihr als Deadwing spielen. Ihr findet es in dem kleinen Bonusraum (zu erreichen von der Plattform, die von dem großen Hammer zerschlagen wird).

Secret 14: Dog Mode - Nächtlicher Sumpf

Mit diesem tierischen Secret könnt ihr als Hund spielen. Ihr findet es unter der Kalebassen-Platte auf dem Friedhof.