Um seinen verlorenen Arm wiederzubekommen, hat sich Peter Parkers ehemaliger College-Professor Connors im Selbstversuch Reptilien-DNA gespritzt. Danach hat er sich in eine ziemlich hässliche Eidechse verwandelt. Jetzt ist es die Aufgabe seines ehemaligen Schülers, Connors aufzuspüren und unschädlich zu machen.
Dafür muss sich Spiderman zunächst zum Daily-Bugle-Gebäude begeben. Hier erfahrt ihr, dass im Gramercy Park gigantische Eidechsen gesichtet wurden. Passt bei dieser Mission besonders gut auf die gegebenen Anweisungen auf, da sie gleichzeitig als Tutorial für die fotografischen Mini-Games dienen, die ihr von Zeit zu Zeit erledigen müsst. Wenn ihr ein Foto des Handy-Verkäufers geschossen habt, kehrt zum Daily Planet zurück, um dann den Gramercy Park anzusteuern, um die Eidechsen zu treffen. Dort berichtet euch ein ziemlich verängstigter Mann von einem Exemplar in einer schmalen Gasse. Haltet Abstand von der Echse und fotografiert sie! Wenn ihr dem Reptil zu nahe kommt, verschwindet es und ihr dürft diesen Teil wiederholen.
Wenn Spiderman die Apocalypse-Soldaten gefunden und ausgeschaltet hat, wird er über den Spinnensinn zahlreiche Eidechsen wahrnehmen. Begebt euch nach Nordosten, überquert ein Gebäude und landet in einem kleinen Park direkt neben dem „Midtown“-Schriftzug auf eurer Karte. Vielleicht müsst ihr ein paar Mal zurückgehen, bevor ihr den richtigen Weg findet. Dass ihr ihn gefunden habt, merkt ihr dann, wenn ihr ein Reptil fotografieren könnt, das einen Hotdog-Stand angreift. Um die Mission erfolgreich abzuschließen, bringt ihr das Foto zu Jonah.
In der nächsten Mission müsst ihr durch die geöffnete Rohrleitung aus dem Klassenraum auf die Gasse klettern. Wenn ihr landet, könnt ihr die dort anwesenden Echsen entweder bekämpfen oder auch ignorieren und durch das Loch entkommen, dass die Explosion gerissen hat. Die jetzt in den Räumen auftauchenden Reptilien könnt ihr auch übergehen, indem ihr einfach in den Hintergrund springt. Wenn Spidey einige Echsen erreicht, die sich im Wasser befinden, reißt die sich im dortigen Raum befindlichen oberen Plattformen herunter. Stoßt die Lichter darin ins Wasser, um die Echsen zu erledigen. Wenn ihr alle Plattformen zum Absturz gebracht habt, legt ihr den Eingang frei, über den Spiderman weiterkommt.
Geht weiter, bis ihr eine große, grüne und mit Schleim bedeckte Wand erreicht. Mit den beiden brennenden Fässern könnt ihr sie schmelzen. Greift sie mit eurem Netz und bringt sie zum Rotieren. Lasst den „Web“-Button los, wenn ihr die Fässer gegen die Wand schleudert. Dies erfordert ein gutes Timing. Wenn ihr dabei die Wand verfehlt, könnt ihr jedoch mit „neuen“ Fässern noch mal anfangen. Im darauf folgenden Hydraulikraum springt Spiderman in den mittleren Schacht, um eine weitere Ebene zu erreichen. Hier müsst ihr zwei große Eidechsen besiegen, bevor ihr euch nach einem großen Schalter in der Ebene umsehen könnt, welcher das Tor öffnet, das euch in die nächsten Räume führt. Hier könnt ihr wieder die meisten Reptilien überspringen und dem Pfad durch den dampfenden Hausflur folgen. Nutzt die oben liegenden Rohre, um dem schädlichen Dampf auszuweichen.
In der Manhattaner Unterwelt müsst ihr zunächst den angreifenden Riesenaffen ausweichen, indem ihr euch durch die auseinander brechenden Felsen schwingt. Da jeder Fels an einer anderen Stelle bricht, müsst ihr euch entsprechend schnell bewegen. Schließlich seht ihr euren ehemaligen, jetzt mutierten Professor wieder. Zunächst steht Spiderman auf einer Ansammlung von geschliffenen Plattformen und wartet auf Connors’ Angriff. Wenn ihr Blasen im Wasser aufsteigen seht, drückt den „Dodge“-Button. Spidey greift die Ober-Eidechse in der Luft und hält ihn mit dem Kopf auf der Plattform fest. Schlag seinen Kopf mit dem Button dreimal auf den Boden und benutze eine Combo, um Connors in die Arena zu befördern, wo ihr ihn zum finalen Kampf trefft.
Die Eidechse ist schnell und hat einen harten Schlag. Am besten haltet ihr, wann immer möglich, den „Dodge“-Button gedrückt, während ihr eure stärksten Moves anwendet, um Connors zu bekämpfen. So könnt ihr seinen Attacken stets ausweichen, während ihr selbst austeilt. Es ist sehr wichtig, im langen Kampf mit der Echse Abstand zu ihr zu halten, während sich eure Dodging-Energie erholt. Ohne sie habt ihr im Nahkampf keine Chance.
Im nächsten Level müsst ihr Connors in die Abwasserkanäle folgen. Wenn ihr den maroden Bahnhof erreicht, müsst ihr mit dem „Attack“-Button den Zug in der Nähe anschieben, um das Loch zu versperren, durch das die Eidechsen zu entkommen versuchen. Erledigt sie und entfernt dann den Balken vor dem zweiten Zug, um auch ihn zu verschieben. Dadurch kommt ihr weiter. Um den elektrifizierten Fluss zu überqueren, müsst ihr an den Wänden entlang durch den Tunnel bis ans Ende der Decke zu den Metallplatten krabbeln. Wenn ihr die Spinnensinne aktiviert, solltet ihr ein feindliches Ziel erkennen. Bewegt euch darauf zu und benutzt euer Netz, um nach unten zur Konsole zu kommen und dort den Schalter zu betätigen. Ihr müsst dies ein paar Mal wiederholen, um schließlich zu Connors und Kraven zu gelangen.
Jetzt wirst du zunächst von Kraven angegriffen. Mit Hilfe des schwarzen Anzugs ist es zwar leichter, ihn zu besiegen, er verfügt aber dennoch über einige Fähigkeiten, die Spiderman gefährlich werden können. So kann er einen Doppelgänger herbeirufen, der sich als optische Täuschung entpuppt, wenn ihr ihn angreift. Zudem kann er sich in diverse Tiere verwandeln. Die gefährlichste Tierform hier ist der Adler, der Kraven schweben lässt und euch mit Federn als Geschossen großen Schaden zufügen kann. So solltet ihr stets aufpassen, nicht unter den Adler zu geraten. Versucht, ihn mit dem „Double-Jump“ und einem anschließenden leichten Move von oben anzugreifen. Den Federn müsst ihr dabei mit dem „Dodge“-Button ausweichen. Der Fight ist schwierig, da ihr bis zum Ende ohne Health-Packs auskommen müsst. Wenn Kravens Energie schon sehr niedrig ist, versucht er zu fliehen, also benutzt am Ende starke Combos, um ihn zu erledigen!
In der nächsten Phase des Kampfes ist Kraven zumeist unsichtbar und bewegt sich ständig durch die Arena. Beobachtet das aufspritzende Wasser, um seine jeweilige Position und seine Wege zu verfolgen. Manchmal taucht er auch, etwas verzerrt, in den Spinnensinnen auf. Als ob das noch nicht genug wäre, greift euch ständig die Brut dreier Eidechsen an, die sich hier ständig vermehren. Nutzt diese Gegner, um euer Wut-Level zu steigern und dann an Kraven auszulassen. Wenn ihr Kraven schließlich erledigt habt, müsst ihr Calypso zu dem Ort folgen, wo sie die Eidechse angegriffen hat.
Wenn ihr aufwärts durch die Flure springt, trefft ihr irgendwann den nächsten Gegner, das riesige, mutierte Reptil. Die Eidechse ist durch ein Energieschild geschützt. Um dies zu entfernen, müsst ihr den Gegner in die vier Generatoren schleudern. Hütet euch vor seinen mächtigen Waffen, der giftigen Spucke und dem Kampfschrei, bei dem ihr an die Ränder der Arena laufen müsst, um ihm zu entgehen. Wenn ihr dabei ins Stolpern kommt, versucht den „Jump“-Button zu drücken, um euch zu erholen, bevor ihr hinfallt. Jedenfalls müsst ihr ihn mit eurem Netz einwickeln, am besten unmittelbar, nachdem er euch angegriffen hat. Versucht, seine Hände zu fesseln und in den zwei Sekunden, die ihr dann Zeit habt, seine Augen zu verbinden, um dann an sein Hinterteil zu gelangen und seinen Schwanz zu nehmen. Wenn das geschafft ist, bewegt den linken Analog-Stick auf eine Seite, um ihn herumzuwirbeln. Um ihn in die Generatoren zu schleudern, benutzt den „Web“-Button. Dabei müsst ihr auch auf eure Position achten und am besten in der Mitte des Raumes sein, wenn ihr die Eidechse zum Werfen gepackt habt. Der Fight ist sehr schwierig, Spiderman muss also Geduld haben, um das mutierte Kriechtier zu besiegen.
Schließlich verliert die Eidechse ihren Schild und flüchtet sich an die Wände. Beobachtet seine Bewegungen. Schließlich wird er versuchen, auf euch zu springen. Lauft dann einfach auf die andere Seite des Raumes, um der Attacke auszuweichen. Wenn er sich dabei mit seinen Klauen im Boden festkrallt und sich nicht mehr bewegen kann, könnt ihr ihn mit „Rofl-Copter“-Attacken zusetzen. Ihr müsst ein paar schwierige Combos aus Buttons und dem Analog-Stick anwenden, um die Monster-Echse zu schlagen.