Begebt euch zum Aussichtspunkt. In einer Zwischensequenz sagt euch Cross nun, dass ihr Taggart in seiner Basis töten sollt. Begebt euch also dort hin. Dort angekommen, sollt ihr die Basis zerstören. Schnappt euch dazu einen Panzer und feuert so lange auf das Gebäude, bis es zerstört ist. Dann will Taggart in einem Panzer fliehen. Verfolgt ihn am besten zu Fuß. An einem bestimmten Punkt sollt ihr nun drei Panzer zerstören.

Wählt dazu den Schwertarm und zerstört die Panzer mit dem Blade Air Slice. Nun müsst ihr ihn verfolgen. Bleibt nah bei ihm, am besten neben ihm, denn er kann die Kanone seines modifizierten Panzers nur auf Distanz verwenden. Eventuell kann er euch sogar als Deckung dienen. Dann müsst ihr 5 Panzer zerstören. Erledigt das wieder per Blade Air Slice und folgt Taggart dann wieder.

Bleibt wieder nah bei ihm, bis ihr wieder einige Panzer zerstören sollt. Habt ihr diese erledigt, so müsst ihr die Sache endgültig beenden. Ihr sollt Taggart konsumieren. Springt dazu einfach auf seinen Panzer und kapert diesen. Ihr habt die Mission geschafft. Nun folgt noch eine Sequenz, in der sich Cross in einen Supreme Hunter verwandelt.

Nach der Sequenz werden folgende Ziele angezeigt: Besiege den Supreme Hunter und stoppe die Nuklearwaffe. Der Supreme Hunter ist extrem schnell und stark. Als Kraft nehmt ihr die Muskelmasse und verwendet auch die Powerrüstung. Nutzt alle Gegenstände, die ihr findet, um ihn damit zu bewerfen. Am meisten Schaden richten hierbei die Helikopter auf dem Flugzeugträger an.

Habt ihr diese verbraucht, so nutzt die herumliegenden Raketen. Um eure Lebensenergie aufrecht zu erhalten, könnt ihr die Soldaten konsumieren. Versucht aber auf keinen Fall, einen Helikopter zu kapern, denn dann wird euch der Supreme Hunter mit seinen Tentakeln sofort töten. Ihr müsst also immer in Bewegung bleiben und den Supreme Hunter bei jeder Gelegenheit mit Gegenständen bewerfen.

Sobald ihr im ca. 50-60% seines Lebens abgezogen habt, beginnt der Countdown für die Raketen. Nun habt ihr nur noch 90 Sekunden, um den Supreme Hunter zu besiegen. Jetzt schnappt ihr euch eine der dicken Raketen und wartet, bis der Supreme Hunter ganz nahe bei euch ist. Werft sie jetzt auf ihn und euch sollte "Supreme Hunter Stunned" angezeigt werden. Sprintet zu ihm, drückt die "Greifen"-Taste und drückt dann so schnell ihr könnt auf "Attack".

So solltet ihr ihm einen Großteil seiner Lebensenergie abziehen und könnt ihn nun in der verbleibenden Zeit töten, indem ihr die herumliegenden Raketen auf ihn werft. Dann wird eine Sequenz abgespielt und ihr habt die Story von Prototype beendet.