Der erste Abschnitt des Spiels dient in erster Linie dazu, euch an das Spielgefühl und die Steuerung zu gewöhnen. Zunächst habt ihr die Aufgabe, das Zielsystem nach euren Wünschen anzupassen. Schießt dafür als erstes auf den rechten Sicherungskasten, bevor ihr euch die linke Seite vornehmt. Nach kurzer Zeit könnt ihr euren Charakter eigenständig bewegen und müsst mit eurer Waffe auf das Objekt schießen, das aus dem langen Schacht kommt. Dann solltet ihr erstmal nachladen. Habt ihr dies alles erledigt, könnt ihr die Tür passieren, sodass ihr hinter einer Person steht. Diese müsst ihr kurz und knackig mit einem Nahkampfangriff ausschalten. Nehmt als nächstes alle Konkons unter Beschuss. Wenn ihr das ASE verwenden könnt, seht euch nach den beiden Bio Locks um. Das erste findet ihr an der Wand rechts von euch, das zweite findet ihr links neben einer Tür nahe eines Schachtes. Um alle anderen Türen aufzuspüren, benutzt einfach den Lautsprecher in der Fernbedienung und orientiert euch an dem blinkenden ASE-Zeichen, das ihr unten links am Bildschirmrand sehen könnt.

Als nächstes müsst ihr mit eurem Charakter in die U-Bahn steigen und euch mit dem SCAR-Gewehr ausrüsten. Während der Fahrt tauchen zwei Ziele auf, die ihr mithilfe des Zielfernrohrs leicht ausschalten könnt. Nachdem ihr diese Szene überstanden habt, macht eine 180 Grad-Wendung und zerstört die beiden Exemplare. Passiert danach die Tür, wo ihr schließlich auf Drohnen und Conduits trefft. Empfehlenswert ist es, eine Waffe eurer Wahl gegen die Strike Rifles auszutauschen, da sie in dieser Situation ganz besonders hilfreich ist. Außerdem richten vor allem Granaten großen Schaden gegenüber den Conduits aus. Bevor ihr den gigantischen Conduit zu Gesicht bekommt, lauft hinaus und betretet den weiten Tunnel. Versucht erst gar nicht den Riesen zu bekämpfen, denn dieser ist viel zu stark. Stattdessen solltet ihr euch den kleineren Gegnern widmen, damit das Portal aktiviert und geöffnet wird, um somit das erste Level des Spiels erfolgreich abzuschließen.

Zunächst ein wichtiger Hinweis: Im zweiten und dritten Level lädt sich eure Lebensenergie nicht automatisch von selbst auf, wenn ihr kurz stehen bleibt, sondern müsst nach wichtigen Energie-Containern Ausschau halten. Erst ab Level 4 erhaltet ihr einen speziellen Anzug dafür.

Zu Beginn müsst ihr den Kampf gegen einige Trust-Agenten aufnehmen. Wenn ihr sie erledigt habt, lauft durch den Metalldetektor und folgt dem langen Gang. Auch hier bekommt ihr es mit ein paar Agenten zu tun. Danach findet ihr euch in einem riesigen Raum wieder, wo schon wieder einige Gegner auf euch warten. Schaltet zunächst die Agenten am Boden aus, bevor ihr euch den Feinden ganz oben widmet. Nun werdet ihr von einigen Scharren an Agenten angegriffen. Die erste Gruppe stürmt durch die linke Tür, die zweite Gruppe rennt rechts von euch auf euch zu und die schließlich dritte und letzte Gruppe marschiert genau vor euch durch die Tür.

Jetzt seid ihr in einem etwas kleineren Raum, der aber auch wieder mit vielen Agenten gefüllt ist. Nachdem ihr sie erledigt habt, befindet ihr euch wieder in einem sehr großen Gebiet. Durch das kleine Kino seht ihr, wie Prometheus die Horden an Trust-Agents mit einem merkwürdigen Gas beeinflusst. Stürmt auf sie zu und bringt sie zur Strecke, bevor ihr den Metalldetektor hinter euch lasst. Lauft einfach weiter und folgt dem Weg, sodass ihr nach kurzer Zeit zu den Fahrstühlen gelangt. Wendet euch schnell nach links, um die beiden Wachposten gezielt ausschalten zu können. Begebt euch weiter zur Treppe und steigt diese hinab. Rüstet euch mit der SCAR aus, die für die folgenden Gegner besonders geeignet ist. Wendet euch dann nach links und fahrt mit dem Fahrstuhl nach unten. Schaltet mithilfe eures präzisen Zielfernrohrs die beiden Wächter aus. Seid ihr unten angekommen und lauft aus dem Aufzug hinaus, warten schon einige Feinde auf euch. In dieser Situation sind ein bis zwei Granaten besonders geeignet. Die übriggebliebenen Widersacher tötet ihr dann mit einer beliebigen Waffe. Nachdem ihr den wertvollen Erste-Hilfe-Kasten an euch genommen habt, könnt ihr in die Eisenbahn steigen.

Die letzten Szenen des zweiten Kapitels sind ziemlich linear gestaltet. Folgt einfach den Gängen des Zuges und tötet die herankommenden Gegner. Manchmal kann es drunter und drüber gehen, deshalb scheut euch nicht, manchmal hinter Wänden und Sitzen eine Verschnaufspause einzulegen. Auf euren Wegen könnt ihr außerdem hin und wieder nützliche Erste-Hilfe-Kästen entdecken. Achtet zudem auf eure Munition, denn bei einer hektischen Ballerei kann das Nachladen tötlich enden. Habt ihr keine Möglichkeit euch zu verstecken oder auszuweichen, werft einfach eine Granate. Wenn ihr dies alles überstanden habt, folgt eine schöne Szene, die ihr euch in aller Ruhe zu Gemüte führen könnt, bevor ihr euch Kapitel 3 widmet.

Zunächst müsst ihr mit eurem Charakter durch zahlreiche lange Gänge streifen. Wie nicht anders zu erwarten ist, werden euch hier ein paar Wächter in die Quere kommen. Schaltet sie aus, bis ihr zu einem Gang kommt, der wie ein großes U aussieht. Hier könnt ihr nämlich rechts einen Raum passieren. In der nahen Umgebung gibt es weitere solcher Räume. In einem dieser Gebiete könnt ihr ein seltsames Symbol entdecken. Anhand des ASE könnt ihr dieses Zeichen scannen, bevor ihr euch in einem kniffligen Puzzle beweisen müsst. Hierbei besteht die Aufgabe, die Ringe in der richtigen Art und Weise zu manipulieren. Nach kurzer Zeit solltet ihr den Dreh raus haben. Habt ihr dies geschafft, öffnet sich ein geheimnisvoller Weg, den ihr natürlich mithilfe der HVS45-Pistole folgen werdet.

Steigt die Treppe hinab, sodass ihr einen Computerraum erreicht. Bringt hier alle erscheinenden Gegner zur Strecke, bevor ihr mit dem ASE das Hauptterminal hackt. Passiert danach die Tür und erledigt die kommenden Wächter. Habt ihr dies hinter euch gebracht, müsst ihr durch lange und vor allem gefährliche Gänge laufen. Diese sind nämlich mit den so genannten Pulse-Boxes versehen, die bei der kleinsten Berührung explodieren und euch in den Tod reißen. Damit ihr hier unbeschadet durchkommt, schießt ihr am besten mit einem gewissen Abstand auf die Sprengladungen. Auch versprengte Wachen wollen euch in dem verzwickten Tunnelsystem das Leben schwer machen. Außerdem werdet ihr im Laufe der Zeit auf diverse Regeneration-Units treffen. Zerstört ihr diese, können sich die Feinde nicht mehr heilen. Allerdings ihr auch nicht mehr.

Nun trefft ihr erneut auf ein großes Schloss. Passiert die Tür und lauft mit eurem Protagonist so lange weiter, bis euch Adams den Befehl gibt, stehen zu bleiben. Nimmt jetzt euer ASE zur Hand und scannt damit den Bereich. Danach bekommt ihr es mit weiteren hinterlistigen Fallen zu tun, den Ghost-Mines. Diese könnt ihr mithilfe des ASE leicht zur Detonation bringen. Bewegt euch also langsam, aber sicher durch den Abwasserkanal und verwendet zielsicher euer ASE, um nicht gesprengt zu werden. Nachdem ihr im folgenden Raum alle Feinde erledigt habt, steigt die Treppe hinauf und benutzt den Fahrstuhl, um nach oben zu gelangen. Lauft nun die Treppe hinunter und betretet den nächsten Bereich. Wenn ihr hier ein Stückchen weitergeht, gelangt ihr zu Munitions- und Energievorräten.

Nach diesem Abschnitt macht ihr in der Medical Area erstmals Bekanntschaft mit den Conduits und Drudges. Eure Aufgabe besteht darin, drei mit Neuro-Toxin gefüllte Fässer zu vernichten. Eines könnt ihr weit in der rechten Ecke erblicken. Die beiden anderen sind in der Nähe der Conduits zu finden. Verschwindet danach wieder aus diesem Abschnitt und lauft zurück zum Fahrstuhl. Passiert jetzt die folgende Doppeltür und steigt die Treppe hinab, sodass ihr einen grünen Ventilhahn erkennen könnt. Bewegt diesen, damit der Druck wieder sinkt. Betretet dann den Filterraum.

Hier befinden sich insgesamt sechs kleine Ventile, die darauf warten, von euch zerstört zu werden. Zunächst könnt ihr eines auf einer Röhre genau in der Mitte des Filterraums erkennen. Gleich daneben findet ihr ein zweites. Lauft zurück zum Eingang dieses Gebietes, wo sich zwei weitere Ventile befinden. Letztendlich könnt ihr noch in der linken und rechten Ecke des Raumes zwei der kleinen Teile entdecken. Wenn ihr alle Ventile vernichtet habt, müsst ihr den Filterraum innerhalb von 24 Sekunden verlassen. Dies ist aber auf jeden Fall zu schaffen und sollte kein großes Problem für euch darstellen.

Nun macht ihr euch auf den Weg zu einem weiteren Schloss. Auf euren Wegen bis dorthin werdet ihr es mit zahlreichen Feinden zu tun bekommen. Seid also kampfbereit. Habt ihr alle erledigt, müsst ihr die zwei Schlösser öffnen, um das große Gebäude betreten zu können. Diese befinden sich jeweils auf den gegenüberliegenden Wänden. Jetzt kommt eine kurze Zwischensequenz, die euch viele interessante Dinge über Adams liefert. Nachdem euch Prometheus einen Chopper gesendet hat, folgt ein etwas schwieriger Abschnitt. Diesen löst ihr am besten mit den beiden Waffen SCAR und Strike Rifle.

Ihr seht, wie zwei Feinde aus dem Gebäude stürmen. Beide könnt ihr am besten mithilfe des Zielfernrohrs einer eurer Waffen ausschalten. Danach bewegt ihr euren Helden selbst in das Monument. Ihr werdet auf mehrere Conduits treffen. Versteckt euch hinter den ersten beiden Riesen und schaltet diese gezielt aus. Falls ihr lebensbedrohliche Verletzungen erleidet, findet ihr überall an den Wänden nützliche Erste-Hilfe-Kits. Links und rechts vom Eingang findet ihr zwei weitere Portale, die ihr zerstören müsst. Kurz darauf stürmt eine Masse an Widersachern auf euch zu, die ihr selbstverständlich alle gezielt töten müsst. Dann könnt ihr wieder aus dem Schloss hinausgehen. Sogleich trefft ihr auf zwei feindliche Soldaten, die ihr gut mit einer Handgranate aus dem Weg räumen könnt. Nun werdet ihr wenige Drudge Soldiers aus dem Wasser hüpfen sehen. Um dies ohne größere Schwierigkeiten meistern zu können, lauft ihr wieder in das Monument und zückt euer Scharfschützengewehr. Damit könnt ihr die Gegner aus sicherer Distanz erledigen. Wenn ihr dies alles geschafft habt, seht ihr den lebensrettenden Chopper landen. Lauft zu ihm, um so das dritte Kapitel mit Erfolg abzuschließen.