Begebt euch zur Markierung und benutzt die Katapult-Funktion, um Spiderman über die Insel zu bewegen. Springt auf eine der Eisenbahnen, die euch zu einem großen Raum führt, in dem ihr euch in den Schatten bewegen sollt. Ihr könnt euch aber auch auf den Boden fallen lassen, die Gegner ignorieren und den Korridor entlangrennen, an dessen Ende die Sterilisationskammer liegt. Legt hier den Schalter um, damit sich die Tür öffnet. Macht hier die Soldaten kalt, während ihr die Wissenschaftler belauscht. Danach öffnet ihr den Fahrstuhlschacht und lasst euch da rein fallen. So gelangt Spiderman in einen mit Energie aufgeladenen Raum. Hier müsst ihr an die Decke gelangen, was die Elektrizität allerdings verhindert – bis ihr die vier Generatoren in den Ecken des Raums zerstört habt. Durch den Ventilator gelangt ihr nach oben. Benutzt entweder das Netz, um ihn zum Stillstand zu bringen, oder den „Dodge“-Button, um ihn zu verlangsamen.
Nach der folgenden Cutscene ignoriert ihr die Gegner und rennt in den großen Raum mit dem orangenen Becken. Hier müsst ihr die zwei anderen Räume auf den jeweils gegenüberliegenden Seiten dieses großen Raums finden und die dortigen Schalter bedienen. Daraufhin flippen die installierten Waffen aus, welche Spidey durch ein paar Combos unschädlich macht. Nachdem alles wieder ruhig ist, hangelt euch mit dem Netz an die Decke und sucht dort nach dem kleinen Rohr. Benutzt das Netz-Jo-Jo, um zum oberen Ende des schwarzen Abschnitts des Rohres zum Ventilator zu klettern. Entkommt aus der Anlage, indem ihr zu den jeweils angezeigten Türen rennt und unter ihnen durchschlüpft, bevor sie sich schließen. Ihr habt es geschafft, wenn ihr nach der dritten, explodierten Tür durch das kaputte Fenster steigt.
Wenn ihr im nächsten Level zunächst die Stolperdrähte überspringt, könnt ihr euch ein paar Wachen ersparen. Schaut euch im ersten Raum nach dem Sicherheitspult um, wo ihr den Schalter umlegt. Durch die sich jetzt öffnende Tür kommt ihr in einen Sicherheitsraum mit grünen und roten Lasern, wo ihr auf der Konsole ein Mini-Game (mit dem X-Button) absolvieren müsst, um die roten Laser zu deaktivieren. Benutzt den „Face“-Button, um die grünen Laser zu überwinden. So erreicht ihr schließlich Scorpion, der versucht, eure Sinne zu kontrollieren. Er kann Spidermans große Moves zwar leicht abwehren, greift selbst aber nur sehr langsam an, sodass es euch nicht schwer fallen sollte, diese ebenfalls abzuwehren und, nachdem sich euer „Dodge“-Meter erholt hat, es mit verschiedenen Combos zu probieren. Der Kampf ist zu Ende, wenn Scorpion Spiderman aus dem Fenster auf die Straße schleudert. Wenn er flieht, müsst ihr euch beeilen, ihm zu folgen, da er sehr schnell ist. Auf dem Weg sind einige Mini-Games zu absolvieren. Scorpion wartet dann an einer Brücke auf euch.
An der Brücke sind Apparate angebracht, die Scorpions Gedanken kontrollieren. Oberstes Ziel Spidermans in dieser Mission ist es, die Vorrichtungen zu zerstören, um seinen Gegner zur Aufgabe zu zwingen. So lange dies noch nicht geschehen ist, bekämpft man Scorpion am besten am Boden. Sobald er die Brücke wieder erklommen hat, ist es schwierig, ihn dort oben zu orten. Wenn ihr eine Ahnung bekommt, wo er in der Höhe sein könnte, benutzt den „Double-Jump“, um in die Nähe zu kommen. Startet dann unmittelbar eine Reihe von Combos, um den Gegner zumindest wieder auf den Boden der Brücke zu bekommen. Sobald Scorpions Kräfte schwinden, werden jeweils unterschiedliche Tastenkombinationen über seinem Kopf angezeigt, die es euch erlauben, ihn mittels dieser zu greifen und in die Generatoren zu schleudern. Das ganze Manöver gestaltet sich schwierig, da sich Scorpion auch noch erfolgreich wehrt und befreit, während ihr ihn schon gegriffen habt. Dadurch ist es nicht einfach, richtig auf die Apparate zu zielen. Spiderman muss dazu an die Generatoren heranzoomen und mit Hilfe des „Dodge“-Buttons die Zeit verlangsamen. Dieses „Fangen spielen“ benötigt ein wenig Geduld. Wenn die Kontrollapparaturen schließlich alle erledigt sind, müsst ihr ein weiteres Mini-Game absolvieren, um auf die Spitze der Brücke zu gelangen, wo Spidey noch die Steuerungseinheit zerstört.
In der nächsten Mission folgt ihr Scorpion in den Tunnel Richtung Mechabiocon, wo Rhino seine Freundin entführt. Euer neuer Freund führt euch durch das erste Kraftfeld, die Laserstrahlen jedoch müsst ihr selbst überwinden. Benutzt euer Web-Jojo, während ihr auf dem roten Symbol steht, und verlangsamt die Laserstrahlen mit dem „Dodge“-Button, um weiterzukommen. Wenn Scorpion durch die für euch verschlossene Tür eilt, springt Spiderman in den Schacht darüber und klettert zwischen den roten Lasern hindurch. Wenn ihr sie berührt, entziehen sie euch keine Energie, Spidey verliert jedoch den Halt. Das Geklettere erweist sich als schwierig, da ihr nicht in kleinen Schritten vorangehen könnt, sondern recht schnell nach vorne zum Ventilator stürzen müsst. Ignoriert dann die Soldaten und rennt in den Raum hinter ihnen, wo Scorpion und Rhino gegeneinander kämpfen. Springt runter, um eurem Freund zu helfen.
Spiderman kann Rhino jedoch nicht angreifen, wenn dieser durch sein Energieschild blau glüht. Auch wenn dies nicht der Fall ist, könnt ihr den Gegner nur von hinten angreifen. Benutzt den „Dodge“-Button, um dann schnell in seinem Rücken zu sein. Wenigstens müsst ihr für Scorpion nicht den Babysitter spielen. Auch wenn er ziemlich vermöbelt wird, beweist er sich als Stehaufmännchen und kommt immer wieder zurück. Ihr könnt euch also ganz auf Rhino konzentrieren. Seinen Angriffen kann Spidey meistens leicht ausweichen, da das Nashorn nicht der Schnellste ist. Anfangs lässt er nur seine Fäuste sprechen. Sobald sich sein Energieschild regeneriert hat, solltet ihr euch von ihm fernhalten, da Rhino dann zunächst aufspringt und eine große Schockwelle auslöst, sobald er wieder den Boden erreicht. Später bricht er die Balken aus ihren Verankerungen, schwingt sie herum und bewirft euch damit. Wenn er mit dem Schwingen anfängt, versucht, so nahe wie möglich an das Nashorn ranzukommen. Wenn ihr dann den „Dodge“-Button aktiviert und anschließend euer Netz benutzt, kontrolliert ihr den Balken selbst und lasst ihn in Rhinos Gesicht landen!
Wenn alle Stahlträger geworfen sind und der Gegner durch einige Combo-Angriffe auf seinen Rücken zusätzlich geschwächt ist, muss sich Spidey als Stierkämpfer beweisen. Rhino rennt frontal auf euch zu, doch auch hier leistet der „Dodge“-Button wertvolle Dienste. So weicht ihr ihm aus und verprügelt den „Stier“ noch, bevor dieser sich in die Wände bohrt. Dies macht ihr ein paar Mal, bis Rhinos Energie auf ein Minimum geschmolzen ist. Dann wird er Scorpion angreifen, und ihr könnt die finale Button-Sequenz anwenden, um das Nashorn zu erledigen. Deren Abfolge ist etwas anspruchsvoller. Ihr müsst euren Analog-Stick zeitgleich mit den Buttons benutzen. Die zweite Bewegung mit dem Analog-Stick macht ihr nach oben. Schließlich müsst ihr dreimal schnell hintereinander die „Jump“- and „Web“-Buttons drücken.