Geht nach Süden und dann in den östlichen Korridor. Natürlich werdet ihr sofort wieder angegriffen. Geht weiter nach Norden und dann nach Osten. Vor der Tür sind nochmals drei dunkle Jedi postiert, die euch einen harten Kampf bieten. Wenn ihr Bastila bei euch habt, verlässt sie euch, da sie ihre Kampfmeditation einsetzt. Vorher müsst ihr euch aber noch mit drei starken Meistern der Dunklen Jedis auseinandersetzen. Wenn Bastila der dunklen Seite verfallen war, erwartet sie euch hier und ihr könnt versuchen, dass sie wieder die Seite wechselt. Es ist einfacher, wenn Bastila sich in den früheren Gesprächen in euch verliebt hat. Sagt ihr, dass sie immer noch die Seite wechseln kann. Oder aber ihr tötet sie, woraufhin die Flotte der Republik angreift. Von jetzt an seid ihr aber auf euch allein gestellt, da eure Begleiter entweder von Bastila oder den Sith ausgesperrt werden. Verlasst den Raum durch die südliche Tür. Am Ende der Halle begegnet ihr Darth Malak hinter einer Tür, der euch nach dem Dialog von Droiden attackieren lässt. Benutzt die Terminals an den Wänden, damit die zerstörten Droiden nicht wieder hergestellt werden. Habt ihr nicht genug Sonden dabei, geht zu den Containern neben den Terminals. Hier kommen immer wieder neue Sonden, sodass ihr vielleicht etwas warten müsst. Sobald ihr die sechs Terminals deaktiviert habt, geschieht dasselbe mit den Droiden. Verlasst den Raum durch die östliche Tür.

Geht in die Fabrik, wo Darth Malak auf euch wartet. Aktiviert erst alle eure Schilde und dergleichen, bevor ihr euch ihm nähert. Jetzt beginnt ein sehr harter Kampf. Nützlich ist die Machtfähigkeit "Machtwelle", welche Malak um mehrere Meter zurückschleudert. Diese Zeit könnt ihr zum Heilen benutzen. Es ist nützlich, eine starke Rüstung zu tragen, doch wenn ihr beispielsweise Revans Robe tragt, könnt ihr Machtgeschwindigkeit nutzen, um Abstand zu gewinnen. Hat Malak nur noch die Hälfte seiner Energie, heilt er sich in einer Sequenz. Nun müsst ihr die Jedi-Leichen an den Wänden zerstören. Habt ihr eine Macht wie "Todesfeld", könnt ihr diese auf die Leiche anwenden, womit ihr eure Macht komplett wieder auffüllt. Habt ihr alle zerstört, müsst euch Darth Malak im finalen Kampf stellen und ihn töten. Je nach Verlauf der vorigen Geschichte gibt es eine eigene Schlusssequenz, die ihr nun genießen könnt.